Su böreği hazırlanırken en çok tercih edilen peynir, tam yağlı beyaz peynirdir. Tuzlu ve hafif mayhoş tadıyla beyaz peynir, sade yufkayla uyumlu bir lezzet oluşturur. Lor ya da kaşar peyniri de ister tek başına ister beyaz peynirle karıştırılarak kullanılabilir. Su böreği için peynir seçerken göz önünde bulundurulması gerekenler şöyle sıralanabilir.

Geleneksel su böreğinin iç harcında çoğunlukla tam yağlı inek beyaz peyniri bulunur. Piştikten sonra ağızda dağılan kıvamı ve dengeli tuz oranı sayesinde beyaz peynir, klasik su böreği lezzetinin başlıca unsurlarındandır. Bazı yörelerde koyun peyniri veya tulum peyniri tercih edilse de bunların aroması daha yoğun olduğundan daha az kullanılmaları tavsiye edilir.

Daha hafif ve az tuzlu bir su böreği isteyenler, beyaz peynirin bir kısmını lor peyniriyle değiştirebilir. Lor, iç harcın daha hafif ve yumuşak olmasını sağlar. Tek başına kullanıldığında lezzeti oldukça nötr kalabileceği için genellikle beyaz peynirle karıştırılır.

İç harcın yumuşak ve uzayan bir kıvam alması için su böreğine kaşar peyniri katmak da mümkündür. Rendelenmiş kaşar, çoğunlukla beyaz peynirle harmanlanarak yufka katlarının arasına ya da böreğin üstüne serpilir. Böylece beyaz peynirin tanıdık tadı korunurken böreğe hafifçe eriyen bir peynir dokusu eklenir.

Beyaz peynir fazla tuzlu olabileceği için kullanmadan önce tadına bakılmalıdır. Tuz oranı yüksekse peynir, soğuk suda bir süre tutularak tuzu azaltılabilir. Ardından suyu süzülür; peynir elle ya da çatalla ufalanıp iç harca eklenir. Su böreğinin hamuru haşlanıp katları tereyağıyla hazırlandığından, iç harca tuz koymadan önce tadım yapmak özellikle önerilir.

Peynirli harca genellikle ince kıyılmış maydanoz da eklenir. Maydanoz, karışıma hem renk hem de ferah bir tat verir. Bazı tariflerde dereotu kullanımı da görülür. Daha yumuşak bir iç harç isteyenler peynir karışımına az miktarda yoğurt veya yumurta ilave edebilir.

Su böreğinin başarılı olması, peynir kadar yufkanın kıvamına da bağlıdır. Yufkalar kısa süre haşlandıktan sonra bekletilmeden soğuk suya alınırsa katlar yumuşaklığını korur ve dağılmaz. Her katı eritilmiş tereyağıyla yağlamak ve peyniri eşit şekilde yaymak, tüm dilimlerde benzer bir lezzet elde edilmesine yardımcı olur. Böreği piştikten sonra servis etmeden önce bir süre dinlendirmek ise katların oturmasını ve daha rahat dilimlenmesini sağlar.